日刊ナゾ通信＋とはレイトン教授と奇跡の仮面のソフトを持っている方向けのおまけモードです。
（インターネット環境が必要です）
日刊ナゾ通信に特別な問題が20問追加されます。
日刊ナゾ通信＋の出し方
全て同じ3DS本体で操作してください。3DS本体の製造番号を元にした処理を行っているので、違う3DS本体では失敗します。
- 超文明Aの遺産のソフトを起動し「ひみつのモード」→「シークレットファイル」→「かくしとびら」と進む。上画面に「奇跡の仮面のかくし扉パスワード」が書いてあるのでメモをする。
- 本体の電源を切り、奇跡の仮面のソフトに入れ替えて起動する。
- 「ひみつのモード」→「シークレットファイル」→「かくしとびら」と進み、先ほどメモしたパスワードを入力。入力に成功するとムービーが流れます。
- 日刊ナゾ通信の画面に進み「ナゾをダウンロード」を押す。（すでに最新の状態ですと出ても正常です）
- 本体の電源を切り、超文明Aの遺産のソフトに入れ替えて起動する。
- 「ひみつのモード」→「日刊ナゾ通信」と進み、「ナゾをダウンロード」を押す。（すでに最新の状態ですと出ても正常です）
- 「シークレットファイル」→「かくしとびら」と進むと、日刊ナゾ通信＋が遊べるようになります。